某某两个月没发工资了，上个月某某说1.让我主动自离，2.我继续呆在某某

针对您公司拖欠工资且拒绝支付的情况，根据《劳动争议调解仲裁法》的相关规定，您申请劳动仲裁时需准备劳动合同、工资条、工作证明、公司拖欠工资的证据等材料。劳动仲裁流程大致为：先向劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请书及相关证据；仲裁委员会受理后，会通知双方进行调解；调解不成则进行仲裁审理，最后作出仲裁裁决。若公司仍不履行，您可申请法院强制执行。法律依据为《劳动争议调解仲裁法》第六条、第二十八条、第四十七条。
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若您选择留下但公司仅发最低工资，首先，应与公司明确工资标准及支付时间，并保留沟通记录。其次，若公司未按约定支付，可再次向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。最后，保留好所有工作期间的证据，如工时记录、工资单等，以备不时之需。法律依据仍为《劳动合同法》及《劳动争议调解仲裁法》。
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公司停掉您的个人所得税申报可能涉及偷税漏税及违法用工行为。您应立即向当地税务局举报公司偷税漏税行为，并保留好相关证据。同时，向劳动监察部门反映公司拖欠工资及违法用工情况。从法律角度，公司应依法申报个税并及时足额支付工资。建议您尽快采取行动，维护自身合法权益。